La CTA nació en la década de los ´90 como una organización sindical de nuevo tipo. Surgió como la respuesta de la clase trabajadora organizada ante la profundización de las políticas neoliberales, el crecimiento del desempleo y el aumento de la precariedad laboral en Argentina.
Entre sus hitos fundacionales se destacan el ‘Grito de Burzaco’ en diciembre de 1991, el Encuentro Sindical de Rosario y el ‘Sapucay del Trabajo0 en 1992 en Corrientes, así como la convocatoria —en ese mismo año— al Congreso de los Trabajadores Argentinos (CTA).
La campaña del ‘Millón de Firmas’ por los jubilados en 1993 y la Marcha Federal de 1994 fueron hechos políticos claves que permitieron llegar a la primera elección de la Central en 1995. Finalmente, en 1996, se realizó el histórico Congreso en el Luna Park, donde quedó formalmente constituida la Central de Trabajadores de la Argentina.