El 30 de septiembre de 2021 se incorporaron a la CTA Autónoma comunidades indígenas de diferentes lugares de las sierras cordobesas, como el Pueblo Nación Comechingón de San Esteban, localidad que se ubica en el norte de la provincia, a 96 kilómetros de Córdoba Capital.
El 76% de los cordobeses descienden de pueblos originarios, pero no lo sabe: En 2017 un grupo de investigadores de la Universidad Nacional de Córdoba (UNC) determinó que el 76% de los habitantes cordobeses tienen linaje materno indoamericano, el 16% de origen europeo y el 8% de raíces africanas. Una parte del ADN de los habitantes contemporáneos de la provincia de Córdoba estaba presente ya entre los pobladores de hace miles de años, sin embargo, sólo el 1,5% de la población se reconoce indígena, un porcentaje inferior a la media nacional (de 2,4%).
El 10º Congreso Nacional de Delegados de la CTA realizado en Embalse de Río Tercero el 14 de mayo de 2010 -hace más de una década- decidió modificar el Estatuto de la Central para aprobar la creación de la Secretaría de Relaciones con los Pueblos Originarios, junto con las de Cultura y Discapacidad.